항공분야는 1996년부터 각 기관 및 업체별로 Y2K문제 해결을 추진해 오다가 1997년 12월 국제민간항공기구(ICAO)의 권고를 계기로 건설교통부가 주관이 되어 1998년 2월부터는 국내의 각 항공분야 관련 기관 및 업체들로 구성된 전담반을 편성하여 Y2K 문제발생 여부를 조사하고 문제해결을 추진하였다.

항공분야에서 확인된 문제시스템은 총 354개로서 대부분이 항공기 운항에 직접적인 영향을 주지 않는 비정보시스템(NON-IT)이 많았으며, 대표적인 문제시설로는 항로관제시스템의 반복비행계획 처리시스템이 있었다.

문제시스템을 파악한 후에는 이의 해결을 위한 작업이 이루어졌으며 1999년 7월에는 항공분야의 모든 시설에 대하여 문제해결을 완료하고 비상계획수립까지 완료를 하였으며, 1999년 11월에는 소속별로 외부인증 및 자체문제해결 완료선언을 통하여 모든 시설의 문제점이 완료되었음을 공표하였다.